栽培黑木耳，選擇適宜的樹種很重要。黑木耳是一種腐生菌，除含有松脂、精油、醇、醚等殺菌物質的樹種外，一般闊葉樹種大都能生長木耳。雖然這樣說，但是樹種的選擇也會影響黑木耳最終的品相。所以利用入藥菌真空干燥機烘干黑木耳，選擇樹種的時候就要考慮到這些因素了。
使用名貴樹種的時候要考慮的到:重要的經濟材木(如漆樹、油桐、板栗等)不宜選用，選用樹皮厚度適中，不易剝落，邊材發達，樹木和菌種親和力強，能獲得高產優質的樹種；選擇樹種應就地取材，選擇當地資源豐富的樹種;最好選用同一樹種或幾種樹種，防止樹種過雜，不易管理。
老主產區經常使用的首要耳木多半使用殼斗科、樺木科樹木種類，如麻櫟、栓皮櫟、檞櫟、白櫟、米櫟、華氏櫟、棘皮櫟等；白楊、榆樹、械樹、刺槐、椴樹、揪樹、懸鈴木、垂柳、桑樹等也是貧困地區經常使用的樹木種類。
大縣城近郊區選擇綠化植物要人盡其才，就地材料，其樹段核心源于有以內多個因素:
(1)茶園整枝和刷新的樹桿:如桃、梨、蘋果、杏、李等，果園整枝每年能獲得大量枝干，可用來栽培木耳。
(2)人行橫道樹冬剪出來了的樹枝:如懸鈴木、楓楊、白楊、柳樹、榆樹、械樹等人行道樹，遮蔭大，剪枝多，每年修剪下來的大量枝條可用來種植木耳。
(3)農民十邊樹:如刺槐、桑樹、烏桕、苦株、椿樹等。
行情硬得的花草植物，進行協調一致，菌絲漫延慢，子實身材成略遲，但開始散發木耳便可5年體會，行情分散的花草植物，菌絲漫延快，出耳早但不耐久力，非常容易霉爛，產耳壽命相對來說節約。有一點初栽位置，食用大內徑或行情硬得的花草植物培養木耳，大半年或年 后，末見出耳，通常會就人為未成活率而丟棄，其實僅僅工作適合，到合理之時便會大量出耳。這時必要所致特別注意的。
所以選擇栽培黑木耳的客戶，一定要慎重選擇合適的樹種，前期打好基礎，后期利用氧氣能風干機器烘干，才會有更多的選擇余地。
